{"id":100018,"date":"2018-03-11T10:21:21","date_gmt":"2018-03-11T10:21:21","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/modelitzacio-daaldolases-de-classe-iipaper-del-metall-en-el-mecanisme-catala%c2%adtic-i-en-laacoblament-entre-dina-mica-i-cata-lisi\/"},"modified":"2018-03-11T10:21:21","modified_gmt":"2018-03-11T10:21:21","slug":"modelitzacio-daaldolases-de-classe-iipaper-del-metall-en-el-mecanisme-catala%c2%adtic-i-en-laacoblament-entre-dina-mica-i-cata-lisi","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/barcelona\/modelitzacio-daaldolases-de-classe-iipaper-del-metall-en-el-mecanisme-catala%c2%adtic-i-en-laacoblament-entre-dina-mica-i-cata-lisi\/","title":{"rendered":"Modelitzaci\u00f3 d\u00c2\u00bfaldolases de classe ii:paper del metall en el mecanisme catal\u00edtic i en l\u00c2\u00bfacoblament entre din\u00c1\u00a0mica i cat\u00c1\u00a0lisi"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Aurora Jim\u00e9nez Rodr\u00edguez <\/strong><\/h2>\n<p>Estudios experimentales recientes de rmn, de espectroscopia unimolecular y de dispersi\u00f3n de neutrones ponen de manifiesto la estrecha relaci\u00f3n que existe entre la flexibilidad de los enzimas y su actividad catal\u00edtica. Concretamente estudios cristalogr\u00e1ficos de unas aldolasas de clase ii dependientes del fosfato de la dihidroxiacetona (dhap) muestran la existencia de un acoplamiento entre el movimiento relativo de los dominios estructurales c-terminal y n-terminal y su funci\u00f3n catal\u00edtica. A\u00fan as\u00ed, el conocimiento que se tiene hasta ahora de su mecanismo catal\u00edtico no es completo y no se ha determinado cu\u00e1l es la relaci\u00f3n directa que existe entre la din\u00e1mica y la cat\u00e1lisis de estas aldolasas. La importancia del uso  de estos enzimas como biocatalizadores en la s\u00edntesis de compuestos aminopolihidroxilados con actividad biol\u00f3gica hace que sea de gran inter\u00e9s tener un conocimiento detallado de los factores que influyen en su mecanismo catal\u00edtico as\u00ed como el papel del metal zinc presente en sus centros activos. el objeto de estudio de esta tesis es completar el conocimiento que se tiene hasta ahora del mecanismo catal\u00edtico de las aldolasas de clase ii del: 1-fosfato de la l-rhamulosa (rhua) y del 1-fosfato de la l-fuculosa (fuca), as\u00ed como entender de qu\u00e9 manera est\u00e1 acoplada la din\u00e1mica de estos enzimas a su funci\u00f3n catal\u00edtica. Para tal fin se ha hecho uso de las herramientas que nos proporciona la qu\u00edmica computacional. As\u00ed, con el tratamiento qm de un modelo sencillo del centro activo de rhua y fuca se han caracterizado los perfiles de energ\u00eda de las etapas de la desprotonaci\u00f3n de la dhap y de la adici\u00f3n del l-lactaldeh\u00eddo, mostr\u00e1ndose que el papel principal del zinc es el de estabilizar el intermedio enediolato as\u00ed como el de activar al sustrato aldeh\u00eddo para la adici\u00f3n electr\u00f3fila. Estos estudios mecan\u00edsticos se han completado con una modelizaci\u00f3n m\u00e1s completa de rhua y fuca usando modelos qm\/mm los cuales muestran barreras similares para las dos etapas, siendo la de la desprotonaci\u00f3n la limitante de la reacci\u00f3n.  paralelamente se han realizado c\u00e1lculos de los modos normales de vibraci\u00f3n de rhua y fuca los cuales describen los movimientos de los dominios estructurales observados experimentalmente. Con el acoplamiento de estos c\u00e1lculos a modelos oniom se observa que los modos de baja frecuencia producen deformaciones en el centro activo de estos enzimas que favorecen la coordinaci\u00f3n o expulsi\u00f3n del sustrato l-lactaldeh\u00eddo al zinc y por tanto la estabilizaci\u00f3n o desestabilizaci\u00f3n del estado de transici\u00f3n de la etapa de la adici\u00f3n. Esta flexibilidad en la coordinaci\u00f3n que presenta el zinc es fundamental para el correcto funcionamiento de rhua y fuca. Por tanto, tras el estudio en nuestros modelos del efecto de la sustituci\u00f3n del zinc por otros metales divalentes, se explica la recuperaci\u00f3n de la actividad de apo-rhua y apo-fuca con la adici\u00f3n de los metales l\u00e1biles co2+ y mn2+ y la inactividad con la adici\u00f3n de cd2+, mg2+, ca2+ y ba2+.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Modelitzaci\u00f3 d\u00c2\u00bfaldolases de classe ii:paper del metall en el mecanisme catal\u00edtic i en l\u00c2\u00bfacoblament entre din\u00c1\u00a0mica i cat\u00c1\u00a0lisi<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Modelitzaci\u00f3 d\u00c2\u00bfaldolases de classe ii:paper del metall en el mecanisme catal\u00edtic i en l\u00c2\u00bfacoblament entre din\u00c1\u00a0mica i cat\u00c1\u00a0lisi <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Aurora Jim\u00e9nez Rodr\u00edguez <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Barcelona<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 26\/03\/2010<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Ramon Crehuet Simon<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: josep Mar\u00eda Anglada rull <\/li>\n<li>pere Clap\u00e9s saborit (vocal)<\/li>\n<li>  (vocal)<\/li>\n<li>  (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Aurora Jim\u00e9nez Rodr\u00edguez Estudios experimentales recientes de rmn, de espectroscopia unimolecular y de dispersi\u00f3n de neutrones ponen [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-sidebar-layout":"default","site-content-layout":"","ast-site-content-layout":"","site-content-style":"default","site-sidebar-style":"default","ast-global-header-display":"","ast-banner-title-visibility":"","ast-main-header-display":"","ast-hfb-above-header-display":"","ast-hfb-below-header-display":"","ast-hfb-mobile-header-display":"","site-post-title":"","ast-breadcrumbs-content":"","ast-featured-img":"","footer-sml-layout":"","theme-transparent-header-meta":"","adv-header-id-meta":"","stick-header-meta":"","header-above-stick-meta":"","header-main-stick-meta":"","header-below-stick-meta":"","astra-migrate-meta-layouts":"default","ast-page-background-enabled":"default","ast-page-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-4)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""}},"ast-content-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-gradient":""}},"footnotes":""},"categories":[951],"tags":[203880,134211,27043,134214],"class_list":["post-100018","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-barcelona","tag-aurora-jimenez-rodriguez","tag-josep-maria-anglada-rull","tag-pere-clapes-saborit","tag-ramon-crehuet-simon"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/100018","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=100018"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/100018\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=100018"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=100018"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=100018"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}