{"id":106268,"date":"2018-03-11T10:30:10","date_gmt":"2018-03-11T10:30:10","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/implicaciones-de-la-variabilidad-genetica-del-virus-de-la-hepatitis-c-genotipo-1-a-nivel-terapeutico-evolutivo-y-epidemiologico\/"},"modified":"2018-03-11T10:30:10","modified_gmt":"2018-03-11T10:30:10","slug":"implicaciones-de-la-variabilidad-genetica-del-virus-de-la-hepatitis-c-genotipo-1-a-nivel-terapeutico-evolutivo-y-epidemiologico","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/microbiologia-clinica\/implicaciones-de-la-variabilidad-genetica-del-virus-de-la-hepatitis-c-genotipo-1-a-nivel-terapeutico-evolutivo-y-epidemiologico\/","title":{"rendered":"Implicaciones de la variabilidad gen\u00e9tica del virus de la hepatitis c genotipo 1 a nivel terap\u00e9utico, evolutivo y epidemiol\u00f3gico."},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Ver\u00f3nica Saludes Montoro <\/strong><\/h2>\n<p>Desde su identificaci\u00f3n en el a\u00f1o 1989, el virus de la hepatitis c (vhc) sigue siendo un grave problema de salud p\u00fablica. Se estima que actualmente existen unos 130 millones de personas en el mundo con hepatitis c cr\u00f3nica y que cada a\u00f1o tienen lugar entre 3 y 4 millones de nuevas infecciones. Dado que la hepatitis c cr\u00f3nica es progresiva por naturaleza, la infecci\u00f3n por el vhc es el factor desencadenante de aproximadamente el 30% de casos de cirrosis y carcinoma hepatocelular en el mundo, adem\u00e1s de ser la causa principal de trasplante hep\u00e1tico en los pa\u00edses desarrollados. Cabe destacar que, hoy por hoy, no existe una vacuna profil\u00e1ctica efectiva para luchar contra la infecci\u00f3n por el vhc. el vhc es un virus con genoma rna que posee una elevada tasa de replicaci\u00f3n y de mutaci\u00f3n. Por ello, el vhc presenta un alto grado de variabilidad gen\u00e9tica y en un paciente infectado circula en forma de cuasiespecies. Esta distribuci\u00f3n en cuasiespecies representa una ventaja adaptativa para el virus ya que le permite evolucionar r\u00e1pidamente adapt\u00e1ndose al entorno y, por lo tanto, tiene numerosas implicaciones biol\u00f3gicas; entre ellas, el establecimiento de una infecci\u00f3n persistente por selecci\u00f3n de mutantes de escape a los anticuerpos neutralizantes y linfocitos t, cambios en la patogenicidad del virus y progresi\u00f3n de la enfermedad hep\u00e1tica, adem\u00e1s de la selecci\u00f3n de mutantes resistentes a los nuevos f\u00e1rmacos espec\u00edficos contra el virus. Al mismo tiempo, el grado de variabilidad gen\u00e9tica en determinadas regiones del genoma del vhc, como son las regiones codificadoras de las glicoprote\u00ednas de la envuelta e1 y e2, y las prote\u00ednas ns5a y core, se ha relacionado con la probabilidad de alcanzar una respuesta virol\u00f3gica sostenida (rvs) a la terapia con interfer\u00f3n (ifn)-a.  en esta tesis nos hemos propuesto estudiar la variabilidad gen\u00e9tica del vhc y sus implicaciones en el fracaso terap\u00e9utico y en la epidemiolog\u00eda molecular del virus. el tratamiento actual de la hepatitis c cr\u00f3nica se basa en la administraci\u00f3n combinada de ifn-\u00c2\u00bf pegilado (pegifn-\u00c2\u00bf) y ribavirina, dos f\u00e1rmacos que no han sido dise\u00f1ados espec\u00edficamente para el vhc sino que act\u00faan principalmente reforzando la respuesta inmune del hospedador. Dada la naturaleza de estos f\u00e1rmacos, no es posible saber si un paciente concreto responder\u00e1 o no a la terapia en base a la presencia de determinadas mutaciones de resistencia en el genoma v\u00edrico como ocurrir\u00eda con otras infecciones tratadas con inhibidores de las enzimas v\u00edricas. En el caso del vhc, los mecanismos que llevan al fracaso terap\u00e9utico no se conocen en detalle pero incluyen factores tanto del propio virus como del hospedador, as\u00ed como del tratamiento. Si bien se espera que los f\u00e1rmacos espec\u00edficos frente a la proteasa y la polimerasa del vhc salgan al mercado durante los pr\u00f3ximos a\u00f1os, es muy probable que \u00e9stos tengan que administrarse junto con el pegifn-\u00c2\u00bf y la ribavirina debido a la r\u00e1pida aparici\u00f3n y selecci\u00f3n de mutantes resistentes. por otro lado, el tratamiento actual frente a la hepatitis c cr\u00f3nica con pegifn-\u00c2\u00bf y ribavirina representa un elevado coste para la sanidad p\u00fablica. A este hecho hay que sumarle que con esta terapia se consigue una baja tasa de rvs, especialmente en los pacientes infectados por el genotipo 1, y que presenta efectos secundarios molestos y potencialmente graves en la mayor\u00eda de los pacientes tratados. Todo ello, crea la necesidad de predecir las probabilidades de \u00e9xito antes de iniciar la terapia, tanto para reducir los costes asociados al tratamiento como para mejorar la calidad de vida de los pacientes. Hoy en d\u00eda, la terapia no puede ser individualizada en base a ninguno de los predictores basales de respuesta descritos hasta el momento. En este sentido, en esta tesis nos hemos propuesto identificar factores basales, tanto cl\u00ednicos como virol\u00f3gicos, asociados con la respuesta a la terapia combinada mediante la comparaci\u00f3n de pacientes con rvs y no respondedores, con la finalidad de desarrollar y evaluar la utilidad de modelos estad\u00edsticos multivariantes que nos permitan predecir el fallo terap\u00e9utico antes de iniciar el tratamiento antiv\u00edrico. Este estudio se ha focalizado en pacientes infectados por el subtipo 1b (vhc-1b), dado que es el m\u00e1s prevalente en espa\u00f1a y se ha asociado con un mayor riesgo de desarrollar carcinoma hepatocelular. Principalmente, como factores virol\u00f3gicos nos hemos centrado en la variabilidad gen\u00e9tica a nivel de cuasiespecies presente en la regi\u00f3n e1-e2 y en la composici\u00f3n de amino\u00e1cidos (aa) de la regi\u00f3n core. Las secuencias correspondientes a la regi\u00f3n e1-e2 se han obtenido mediante clonaje y secuenciaci\u00f3n debido a su elevado nivel de variabilidad gen\u00e9tica, mientras que las correspondientes a la regi\u00f3n core, al ser m\u00e1s conservada, se han obtenido mediante secuenciaci\u00f3n directa.  los factores basales m\u00e1s significativamente asociados con el fallo terap\u00e9utico en nuestra poblaci\u00f3n de estudio fueron niveles menores de alanina transaminasa (alt), un mayor n\u00famero de haplotipos (es decir, un mayor n\u00famero de variantes v\u00edricas circulantes en suero diferentes entre ellas) en la regi\u00f3n e1-e2 y la ausencia de los aa arginina en la posici\u00f3n 70 y leucina en la 91 de la regi\u00f3n core. As\u00ed mismo, la respuesta a la terapia combinada no vino dada por un origen evolutivo com\u00fan del vhc-1b en nuestra poblaci\u00f3n de pacientes, ni pareci\u00f3 estar relacionada con la conservaci\u00f3n de aa determinados en las glicoprote\u00ednas e1-e2 o en la prote\u00edna core. Por otro lado, s\u00ed se observ\u00f3 una mayor heterogeneidad gen\u00e9tica basal de las poblaciones v\u00edricas correspondientes a la regi\u00f3n e1-e2 en los pacientes no respondedores, la cual podr\u00eda estar involucrada en el fallo terap\u00e9utico ya sea a trav\u00e9s de la pre-existencia o la generaci\u00f3n de variantes v\u00edricas resistentes. ya que ninguna de las variables anteriores permiti\u00f3 predecir la respuesta con fiabilidad individualmente, nos propusimos desarrollar modelos estad\u00edsticos multivariantes que incluyeran las variables m\u00e1s relevantes, tanto cl\u00ednicas como virol\u00f3gicas, y que nos permitieran predecir el fallo terap\u00e9utico de manera m\u00e1s precisa. Para obtener estos modelos de predicci\u00f3n se utilizaron an\u00e1lisis estad\u00edsticos multivariantes, especialmente de tipo discriminante. La fiabilidad de los modelos se evalu\u00f3 internamente aplicando el m\u00e9todo de validaci\u00f3n cruzada leave-one-out. Los resultados obtenidos demuestran que el uso de modelos estad\u00edsticos discriminantes que combinen factores cl\u00ednicos y virol\u00f3gicos podr\u00eda ser de utilidad en la predicci\u00f3n de la respuesta a la terapia combinada en pacientes infectados por el subtipo 1b. Mientras que el modelo discriminante 1 predijo con m\u00e1s exactitud el fallo terap\u00e9utico en nuestra poblaci\u00f3n de estudio (especificidad del 100%), la validaci\u00f3n cruzada indic\u00f3 que el modelo discriminante 2 era m\u00e1s reproducible. La aplicaci\u00f3n de este segundo modelo en una poblaci\u00f3n independiente similar a nuestra poblaci\u00f3n de estudio en t\u00e9rminos de etnicidad, caracter\u00edsticas cl\u00ednicas y subtipo del vhc podr\u00eda evitar la terapia en un 63,6-81,8% de los pacientes no respondedores, mientras que la mayor\u00eda de pacientes con posibilidades de responder ser\u00edan identificados y tratados (sensibilidad, 85,7-95,2%). en base a la bibliograf\u00eda existente hasta el momento, este es el primer estudio que describe un modelo discriminante para predecir el fallo terap\u00e9utico antes de iniciar la terapia. Si las predicciones obtenidas con el modelo discriminante 2 se confirmaran en una poblaci\u00f3n independiente de pacientes, la informaci\u00f3n obtenida podr\u00eda ayudar a los facultativos a restringir la terapia a aquellos pacientes con posibilidades de responder, reduci\u00e9ndose significativamente los costes totales de la misma. En aquellos pacientes sin posibilidades de responder, se podr\u00eda evitar la terapia y los efectos secundarios asociados, a la espera de un r\u00e9gimen terap\u00e9utico m\u00e1s efectivo.  continuando con la misma l\u00ednea de trabajo del estudio anterior, nos propusimos determinar el efecto de la terapia sobre la din\u00e1mica evolutiva de las poblaciones v\u00edricas de la regi\u00f3n e1-e2 en pacientes no respondedores e infectados por el subtipo 1b, para as\u00ed profundizar en el conocimiento sobre el fracaso terap\u00e9utico. Para poder estimar este efecto era necesario comparar estos pacientes con controles no tratados y monitorizados durante el mismo periodo de tiempo; son pocos los estudios que incluyen controles debido a la dificultad de obtenci\u00f3n de muestras seriadas en pacientes no tratados. Los resultados obtenidos demuestran que si bien las caracter\u00edsticas virol\u00f3gicas basales (carga v\u00edrica y grado de variabilidad gen\u00e9tica de la regi\u00f3n e1-e2) fueron similares entre pacientes no respondedores nulos y no respondedores con recidiva infectados por el vhc-1b, \u00e9stos podr\u00edan mostrar diferentes patrones evolutivos durante el tratamiento. Los pacientes no respondedores nulos presentaron diferentes patrones de evoluci\u00f3n durante la terapia, dependiendo de la susceptibilidad inicial de las poblaciones v\u00edricas a la terapia antiv\u00edrica y a la adaptaci\u00f3n a la respuesta inmune, y estos patrones no se pudieron diferenciar de aquellos observados en los controles no tratados, donde el vhc evoluciona por efecto de la presi\u00f3n ejercida por el sistema inmune. En cambio, en los pacientes no respondedores con recidiva, despu\u00e9s de la dr\u00e1stica reducci\u00f3n de la carga v\u00edrica en suero ocasionada por la terapia, se observ\u00f3 una poblaci\u00f3n v\u00edrica gen\u00e9ticamente m\u00e1s homog\u00e9nea que en el pretratamiento, derivada a partir de aquellas variantes que hab\u00edan logrado sobrevivir a la terapia. Si bien no pudimos evidenciar que el tratamiento antiv\u00edrico conllevara la selecci\u00f3n de aa concretos en los pacientes no respondedores, nuestros resultados muestran que en presencia de tratamiento, la variabilidad gen\u00e9tica de las poblaciones v\u00edricas correspondientes a la regi\u00f3n e1-e2 tiende a disminuir. Esta disminuci\u00f3n fue mucho m\u00e1s pronunciada en los no respondedores con recidiva que en los no respondedores nulos, mientras que no se observaron cambios significativos en los controles no tratados. El hecho de que las poblaciones v\u00edricas observadas en el momento del fallo terap\u00e9utico sean m\u00e1s homog\u00e9neas que antes de iniciar la terapia, podr\u00eda estar reflejando la adaptaci\u00f3n del virus a la presi\u00f3n ejercida por la terapia antiv\u00edrica, con la supervivencia de las variantes v\u00edricas mejor adaptadas al entorno.  los an\u00e1lisis de variabilidad gen\u00e9tica a nivel de cuasiespecies implican la utilizaci\u00f3n de t\u00e9cnicas complejas, laboriosas y costosas de biolog\u00eda molecular, adem\u00e1s de los posteriores an\u00e1lisis bioinform\u00e1ticos y filogen\u00e9ticos. Por esta raz\u00f3n existe una limitaci\u00f3n en el n\u00famero de pacientes incluidos en los dos trabajos anteriores. No obstante, los resultados obtenidos contribuir\u00e1n a entender los factores involucrados en el fracaso terap\u00e9utico y a mejorar el manejo de los pacientes con hepatitis c cr\u00f3nica infectados por el subtipo 1b del vhc.  por otro lado, esta tesis tambi\u00e9n ha contribuido a caracterizar la variabilidad gen\u00e9tica del vhc genotipo 1 con la obtenci\u00f3n del primer genoma completo del subtipo 1g (vhc-1g), ampliando el conocimiento sobre la epidemiolog\u00eda molecular del virus. Las v\u00edas de transmisi\u00f3n m\u00e1s posibles del subtipo 1g en nuestra paciente de estudio fueron la transfusi\u00f3n sangu\u00ednea u otras pr\u00e1cticas m\u00e9dicas invasivas, de manera similar a las observadas mayoritariamente para el subtipo 1b. la determinaci\u00f3n del subtipo del vhc no tiene un impacto cl\u00ednico en cuanto a la terapia actual. Sin embargo, en estudios epidemiol\u00f3gicos (estudios de brotes y de v\u00edas de transmisi\u00f3n) y de evoluci\u00f3n del virus es necesario conocer el subtipo del vhc. Adem\u00e1s, en el contexto de los nuevos f\u00e1rmacos en desarrollo inhibidores de la proteasa y de la polimerasa del vhc, determinar el subtipo ser\u00e1 probablemente de gran importancia ya que los subtipos 1a y 1b pueden presentar patrones de resistencia diferentes y, por lo tanto, podr\u00edan darse fen\u00f3menos similares en el resto de subtipos del genotipo 1 del vhc. seg\u00fan el documento de consenso, para la designaci\u00f3n confirmada de un nuevo subtipo se requiere al menos una secuencia gen\u00f3mica completa. Se debe demostrar que \u00e9sta agrupa separadamente del resto de subtipos del mismo genotipo mediante an\u00e1lisis filogen\u00e9ticos rigurosos, confirmar la ausencia de recombinaci\u00f3n y establecer el grado de divergencia gen\u00e9tica con el resto de subtipos del mismo genotipo a lo largo del genoma completo. Con la primera secuencia gen\u00f3mica completa de un aislado correspondiente al vhc-1g se ha podido demostrar que \u00e9ste agrupa separadamente del resto de subtipos del mismo genotipo, y no se han hallado evidencias de recombinaci\u00f3n con otros subtipos ni otros genotipos. Cabe mencionar que, seg\u00fan nuestros resultados, la divergencia evolutiva del subtipo 1g tuvo lugar anteriormente a la de los subtipos 1a, 1b y 1c del genotipo 1. Finalmente, con los datos aportados por el presente estudio, el subtipo 1g cumple con los requisitos del documento de consenso para pasar de estado provisional a confirmado.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Implicaciones de la variabilidad gen\u00e9tica del virus de la hepatitis c genotipo 1 a nivel terap\u00e9utico, evolutivo y epidemiol\u00f3gico.<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Implicaciones de la variabilidad gen\u00e9tica del virus de la hepatitis c genotipo 1 a nivel terap\u00e9utico, evolutivo y epidemiol\u00f3gico. <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Ver\u00f3nica Saludes Montoro <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Aut\u00f3noma de barcelona<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 13\/01\/2011<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Vicente Ausina<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: emilio Bouza Santiago <\/li>\n<li>lurdes Matas andreu (vocal)<\/li>\n<li>  (vocal)<\/li>\n<li>  (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Ver\u00f3nica Saludes Montoro Desde su identificaci\u00f3n en el a\u00f1o 1989, el virus de la hepatitis c (vhc) 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