{"id":109775,"date":"2011-01-07T00:00:00","date_gmt":"2011-01-07T00:00:00","guid":{"rendered":""},"modified":"2011-01-07T00:00:00","modified_gmt":"2011-01-07T00:00:00","slug":"desarrollo-de-un-modelo-predictor-del-tropismo-del-vih-1-combinando-la-interpretacion-de-la-secuencia-del-dominio-v3-de-la-glicoprotea%c2%adna-de-la-envuelta-del-virus-con-parametros-cla%c2%adnicos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/biologia-celular\/desarrollo-de-un-modelo-predictor-del-tropismo-del-vih-1-combinando-la-interpretacion-de-la-secuencia-del-dominio-v3-de-la-glicoprotea%c2%adna-de-la-envuelta-del-virus-con-parametros-cla%c2%adnicos\/","title":{"rendered":"Desarrollo de un modelo predictor del tropismo del vih-1 combinando la interpretaci\u00f3n de la secuencia del dominio v3 de la glicoprote\u00edna de la envuelta del virus con par\u00e1metros cl\u00ednicos"},"content":{"rendered":"

Tesis doctoral de Victoria Sanchez Hellin <\/strong><\/h2>\n

El ensayo fenot\u00edpico enhanced sensitivity trofiletm hiv co-receptor tropism (es trofiletm), m\u00e9todo de referencia actual para la determinaci\u00f3n del tropismo del vih-1, es un m\u00e9todo complejo que no se encuentra f\u00e1cilmente disponible. Los m\u00e9todos genot\u00edpicos podr\u00edan proporcionar una alternativa m\u00e1s accesible si mejorase su exactitud diagn\u00f3stica. Por otra parte, no se ha evaluado el rendimiento de las herramientas bioinform\u00e1ticas en la predicci\u00f3n del tropismo viral respecto a es trofiletm. la hip\u00f3tesis de esta investigaci\u00f3n es que la combinaci\u00f3n de datos cl\u00ednicos con la secuencia de nucle\u00f3tidos del dominio v3 de la glicoprote\u00edna 120 de la envuelta del virus podr\u00eda mejorar la exactitud diagn\u00f3stica de las herramientas bioinform\u00e1ticas. Los objetivos fueron: (1) evaluar el rendimiento de los algoritmos genot\u00edpicos para predecir el uso del correceptor cxcr4 con el ensayo fenot\u00edpico es trofiletm como referencia, y comparar la concordancia \/ exactitud de los m\u00e9todos genot\u00edpicos con es trofiletm y con el original trofiletm y, (2) desarrollar un modelo predictor del tropismo viral a partir del genotipo incorporando variables cl\u00ednicas. para evaluar el rendimiento de los algoritmos genot\u00edpicos para predecir el uso del correceptor cxcr4 con es trofiletm como referencia, y comparar la concordancia \/ exactitud de los m\u00e9todos genot\u00edpicos con es trofiletm y con la versi\u00f3n original, se compararon muestras de plasma de pacientes con infecci\u00f3n por el vih-1 con determinaci\u00f3n fenot\u00edpica y genot\u00edpica en el uso del correceptor; se realiz\u00f3 secuenciaci\u00f3n del dominio v3 del gen viral y ensayo fenot\u00edpico en cada muestra. Las reglas genot\u00edpicas para la predicci\u00f3n del tropismo fueron: geno2pheno (fpr [false positive rate] de 1 al 20%); position specific scoring matrix (pssm)x4r5 and pssmsinsi; regla 11\/25, regla 11\/24\/25 y regla de la carga neta. Se analizaron 244 muestras fenot\u00edpica y genot\u00edpicamente. El uso del correceptor se determin\u00f3 en 145 (59%) muestras con es trofiletm y en 99 (41%) con el original trofiletm. La concordancia m\u00e1s alta (82,6%) se consigui\u00f3 con pssmx4r5 cuando es trofiletm fue la referencia. Geno2pheno 20% mostr\u00f3 la mayor sensibilidad (76,7%) para la detecci\u00f3n de virus que emplean el correceptor cxcr4. Las muestras de sujetos na\u00ed\u00afve para el tratamiento antirretroviral y las de aquellos con recuentos de linfocitos t cd4+ entre 200-500 cels\/mm3 mostraron el mejor rendimiento para la predicci\u00f3n. En general, la exactitud de las herramientas bioinform\u00e1ticas para detectar variantes cxcr4 fue similar con es trofiletm y con trofiletm. Sin embargo, el valor predictivo negativo de las herramientas genot\u00edpicas con es trofiletm fue ligeramente mayor que los valores obtenidos con trofiletm. para el desarrollo del modelo predictor del tropismo viral, se analizaron los datos cl\u00ednicos y biol\u00f3gicos de 159 pacientes adultos con infecci\u00f3n por el vih-1, 88 (56%) de los cu\u00e1les fueron pacientes que hab\u00edan recibido previamente tratamiento antirretroviral. la determinaci\u00f3n fenot\u00edpica del uso del correceptor se realiz\u00f3 con los ensayos trofiletm y es trofiletm. Las secuencias v3 fueron interpretadas de acuerdo a los algoritmos genot\u00edpicos disponibles en internet. Se realiz\u00f3 un an\u00e1lisis de regresi\u00f3n log\u00edstica para identificar las variables predictoras del tropismo del vih-1. Se definieron puntos de corte para la predicci\u00f3n de las variantes cxcr4. Se incluy\u00f3 un total de 170 muestras con resultado fenot\u00edpico y genot\u00edpico para la determinaci\u00f3n del tropismo del vih-1. Cuando s\u00f3lo se seleccionaron las muestras de los pacientes previamente tratados, se obtuvo un modelo predictor del tropismo del vih-1 con una elevada exactitud [\u00e1rea bajo la curva roc, 0,966 (95% ic, 0,930-1,000, p<0,001]. La ecuaci\u00f3n del modelo incluy\u00f3 la interpretaci\u00f3n de la secuencia del dominio v3 de la gp 120 de la envuelta v\u00edrica mediante dos herramientas bioinform\u00e1ticas (geno2pheno modelo cl\u00ednico y la regla de la carga neta), fpr de geno2pheno, y los siguientes par\u00e1metros cl\u00ednicos: exposici\u00f3n a m\u00e1s de tres familias de antirretrovirales, a\u00f1os desde el diagn\u00f3stico de la infecci\u00f3n por el vih-1, y el log10 vih-1 arn. Un punto de corte \u00c2\u00bf 5,75 mostr\u00f3 la mejor exactitud diagn\u00f3stica para predecir el uso del correceptor cxcr4 (96,6% sensibilidad y 92,3% especificidad). por tanto, la exactitud de los algoritmos genot\u00edpicos para la detecci\u00f3n de virus que utilizan el correceptor cxcr4 es m\u00e1s alta con es trofiletm como referencia. Los resultados fueron similares a aquellos que se obtuvieron con trofiletm. La concordancia con es trofiletm es mejor con mayores recuentos de linfocitos t cd4+ y ausencia de sin exposici\u00f3n a terapia antirretroviral. Un modelo genot\u00edpico-cl\u00ednico es muy exacto en la predicci\u00f3n del tropismo del vih-1 en pacientes tratados previamente con antirretrovirales. Este modelo puede proporcionar una nueva herramienta r\u00e1pida y barata que permita seleccionar candidatos para el tratamiento con antagonistas de los ccr5 en la pr\u00e1ctica cl\u00ednica.\n\n\n\n \n\n\n

Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00abDesarrollo de un modelo predictor del tropismo del vih-1 combinando la interpretaci\u00f3n de la secuencia del dominio v3 de la glicoprote\u00edna de la envuelta del virus con par\u00e1metros cl\u00ednicos<\/strong>\u00ab<\/h3>\n
    \n
  • T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Desarrollo de un modelo predictor del tropismo del vih-1 combinando la interpretaci\u00f3n de la secuencia del dominio v3 de la glicoprote\u00edna de la envuelta del virus con par\u00e1metros cl\u00ednicos <\/li>\n
  • Autor:<\/strong>\u00a0 Victoria Sanchez Hellin <\/li>\n
  • Universidad:<\/strong>\u00a0 Miguel hern\u00e1ndez de elche<\/li>\n
  • Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 01\/07\/2011<\/li>\n<\/ul>\n

     <\/p>\n

    Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n
      \n
    • Director de la tesis<\/strong>\n
        \n
      • Felix Gutierrez Rodero<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n
      • Tribunal<\/strong>\n
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        • Presidente del tribunal: Jaime Merino sanchez <\/li>\n
        • federico Garc\u00eda Garc\u00eda (vocal)<\/li>\n
        • concepcion Gimeno cardona (vocal)<\/li>\n
        • Rafael Delgado vazquez (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n

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