{"id":114876,"date":"2018-03-11T10:43:02","date_gmt":"2018-03-11T10:43:02","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/statistical-analysis-in-finding-of-alternative-splicing-using-splicing-arrays\/"},"modified":"2018-03-11T10:43:02","modified_gmt":"2018-03-11T10:43:02","slug":"statistical-analysis-in-finding-of-alternative-splicing-using-splicing-arrays","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/biologia-humana\/statistical-analysis-in-finding-of-alternative-splicing-using-splicing-arrays\/","title":{"rendered":"Statistical analysis in finding of alternative splicing using splicing arrays"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Ravi Datta Sharma <\/strong><\/h2>\n<p>Una caracter\u00edstica com\u00fan de muchos genes es que sufren de splicing alternativo (sa). \u00e9ste proceso permite que un mismo mrna primario pueda generar diferentes transcritos. Alteraciones en el proceso de splicing alternativo se han relacionado con diferentes enfermedades, en el que se incluye el c\u00e1ncer. El sa es una diana terap\u00e9utica de gran inter\u00e9s y hay una investigaci\u00f3n activa para la b\u00fasqueda de nuevos f\u00e1rmacos diana. Las plataformas de an\u00e1lisis a nivel gen\u00f3mico son herramientas potentes que permiten entender el papel que juega el sa en diferentes patolog\u00edas. La b\u00fasqueda de isoformas se puede llevar a cabo empleando tecnolog\u00edas de microarrays (por medio de arrays de exones o de junctions) y de rna-seq. La implementaci\u00f3n de algoritmos eficientes para cualquiera de las dos tecnolog\u00edas supone un gran reto. Este trabajo est\u00e1 centrado en microarrays de exones y de junctions, porque, a pesar de sus limitaciones (los resultados se limitan a las probes incluidas en el microarray), esta tecnolog\u00eda es adecuada para diferentes aplicaciones. Adem\u00e1s el an\u00e1lisis de microarrays, menos laboriosa que el de los datos de rna-seq.  el primer objetivo de la tesis es el desarrollo de una pipeline para la anotaci\u00f3n de arrays de affymetrix. La anotaci\u00f3n, contra el transcriptoma de inter\u00e9s (por ejemplo el de ensembl), se puede hacer en un ordenador personal en un tiempo razonable (menos que 2 horas). Se ha tenido especial cuidado a la hora de trabajar coi las hibridizaciones cruzadas. Esta pipeline se ha aplicado para anotar cinco diferentes arrays de affymetrix. Los resultados han mostrado que realizar una buena anotaci\u00f3n es de vital importancia a la hora de analizar los microarrays. Algunas de las probes mapearon en m\u00e1s de 1000 posiciones diferentes del transcriptoma.  hay pocos algoritmos que hacen uso de la informaci\u00f3n redundante provista por las junction probes. El segundo objetivo de esta tesis ha sido el de desarrollar exonpointer, un algoritmo que emplea los datos de las probes de exones y junctions para identificar cassettes en exones anotados \u00c2\u00bfel tipo de splicing m\u00e1s com\u00fan en mam\u00edferos-. Como prueba de concepto, aplicamos el algoritmo para analizar casos de splicing diferencial en tres diferentes estudios. Uno de los estudios corresponde a datos de c\u00e9lulas a549 de adenocarcinoma de pulm\u00f3n tras la de-regulaci\u00f3n del srsf1, un factor de splicing oncog\u00e9nico. El segundo de los estudios se realiz\u00f3 en muestras de humano de dos subclases de c\u00e1ncer de pulm\u00f3n no microc\u00edtico i.E. Adenocarcinoma y carcinoma escamoso de pulm\u00f3n. En el tercer estudio buscamos casos de splicing alternativo en glioblastoma multiforme (gbm). Los resultados de pcr mostraron que los cassettes predichos con nuestro algoritmo exonpointer se validaban en un ratio del 60 al 100%. Estos resultados muestran que exonpointer es una buena alternativa para la detecci\u00f3n cassettes.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Statistical analysis in finding of alternative splicing using splicing arrays<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Statistical analysis in finding of alternative splicing using splicing arrays <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Ravi Datta Sharma <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Navarra<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 19\/11\/2013<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Angel Rubio Diaz Cordoves<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: rub\u00e9n Pio os\u00e9s <\/li>\n<li>Ana Mar\u00eda Aransay ba\u00f1ares (vocal)<\/li>\n<li>eduardo Gonzalez couto (vocal)<\/li>\n<li>matthew Trotter (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Ravi Datta Sharma Una caracter\u00edstica com\u00fan de muchos genes es que sufren de splicing alternativo (sa). \u00e9ste 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