{"id":115610,"date":"2014-08-05T00:00:00","date_gmt":"2014-08-05T00:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/modelos-simples-para-estudiar-el-efecto-de-la-presion-en-el-plegamiento-de-protea%c2%adnas\/"},"modified":"2014-08-05T00:00:00","modified_gmt":"2014-08-05T00:00:00","slug":"modelos-simples-para-estudiar-el-efecto-de-la-presion-en-el-plegamiento-de-protea%c2%adnas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/quimica-fisica\/modelos-simples-para-estudiar-el-efecto-de-la-presion-en-el-plegamiento-de-protea%c2%adnas\/","title":{"rendered":"Modelos simples para estudiar el efecto de la presi\u00f3n en el plegamiento de prote\u00ednas."},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Ramiro Perezzan Rodriguez <\/strong><\/h2>\n<p>El objetivo principal de esta tesis es el dise\u00f1o y puesta a punto de un modelo de simulaci\u00f3n molecular que nos permita estudiar el efecto que supone un aumento de la presi\u00f3n hidrost\u00e1tica del medio en la transici\u00f3n de plegamiento\/desnaturalizaci\u00f3n de las prote\u00ednas globulares. Hemos dividido este trabajo en cinco cap\u00edtulos principales, que describimos a continuaci\u00f3n de forma resumida. En primer lugar introducimos el problema del plegamiento de prote\u00ednas, centr\u00e1ndonos en la variable principal de esta tesis, la presi\u00f3n, y haciendo especial \u00e9nfasis en los resultados bibliogr\u00e1ficos m\u00e1s importantes del sistema prote\u00edna-presi\u00f3n.A continuaci\u00f3n realizamos el desarrollo metodol\u00f3gico tanto del potencial de interacci\u00f3n que utilizaremos en nuestra simulaci\u00f3n como del funcionamiento del modelo de simulaci\u00f3n que hemos desarrollado. De esta manera, en este trabajo desarrollamos un potencial de interacci\u00f3n que depende de un \u00fanico par\u00e1metro, \u00c2\u00bfssm, existiendo una relaci\u00f3n entre su valor y la presi\u00f3n a la que se encuentra el sistema simulado. Con el modelo de simulaci\u00f3n que se describe en esta tesis se busca la obtenci\u00f3n de propiedades termodin\u00e1micas estructurales y termodin\u00e1micas de los sistemas estudiados, utilizamos un m\u00e9todo de simulaci\u00f3n de monte carlo. Se trata de un modelo sencillo, de tipo coarse grained y por tanto de baja resoluci\u00f3n. Para que el modelo nos permita estudiar las variaciones tanto de presi\u00f3n como de temperatura, hemos implementado adem\u00e1s la t\u00e9cnica de parallel tempering. Una vez desarrollado el modelo realizamos el \u00c2\u00bfcalibrado\u00c2\u00bf de nuestro potencial de interacci\u00f3n. Utilizando la prote\u00edna 2gb1, realizamos diferentes simulaciones con valores crecientes del par\u00e1metro \u00c2\u00bfssm, lo que corresponde a un aumento en la presi\u00f3n del sistema. Advertimos de la presencia a presiones moderadas y altas de un estado no nativo, pero que difiere del estado desnaturalizado por efecto de la temperatura. Se trata de un estado caracter\u00edstico de la desnaturalizaci\u00f3n por presi\u00f3n, que denominamos estado hinchado (h). Tambi\u00e9n estudiamos en detalle las caracter\u00edsticas de los diferentes tr\u00e1nsitos que existen entre estos tres estados. A continuaci\u00f3n, analizamos las caracter\u00edsticas principales de los diferentes estados n, h y d. Clasificamos cada una de las conformaciones en alguno de los tres estados mencionados, permitiendo as\u00ed calcular sus poblaciones en funci\u00f3n del par\u00e1metro \u00c2\u00bfssm y de la temperatura. Pudiendo as\u00ed analizar la evoluci\u00f3n de los diferentes estados y calcular nuestro propio diagrama de fases \u00c2\u00bfssm\u00c2\u00bft, que recuerda a una parte del diagrama de fases completo p\u00c2\u00bft caracter\u00edstico de las prote\u00ednas. La \u00faltima parte de este primer cap\u00edtulo de resultados est\u00e1 dedicada a la caracterizaci\u00f3n estructural detallada del estado h de la prote\u00edna, buscando semejanzas y diferencias con los dos estados m\u00e1s caracterizados habitualmente, el n y el d.En el siguiente cap\u00edtulo est\u00e1 dedicado a analizar el efecto de la presi\u00f3n que predice nuestro modelo sobre la estructura secundaria de las prote\u00ednas. Presentamos los resultados obtenidos al simular cuatro prote\u00ednas nuevas. Dos de ellas presentan exclusivamente estructura tipo \u00c2\u00bf y las otras dos presentan exclusivamente estructura \u00edY. Por tanto, los resultados que obtenemos de la simulaci\u00f3n de estas prote\u00ednas nos permiten, seguir validando nuestro modelo con nuevos sistemas. Pero adem\u00e1s, nos sirve para analizar las diferencias frente a la presi\u00f3n que se describen en la bibliograf\u00eda para estos dos tipos de estructura secundaria. Por \u00faltimo hemos realizado la comparaci\u00f3n detallada de los resultados que obtenemos a partir de la simulaci\u00f3n de una prote\u00edna determinada con los resultado experimentales que se presentan para esa misma prote\u00edna en la bibliograf\u00eda. Con nuestro modelo hemos identificado los tres estados n, h y d que se describen en la bibliograf\u00eda.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Modelos simples para estudiar el efecto de la presi\u00f3n en el plegamiento de prote\u00ednas.<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Modelos simples para estudiar el efecto de la presi\u00f3n en el plegamiento de prote\u00ednas. <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Ramiro Perezzan Rodriguez <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Complutense de Madrid<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 08\/05\/2014<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Antonio Rey Gayo<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: valentin Garcia baonza <\/li>\n<li>b\u00e9reng\u00e9re Guignon (vocal)<\/li>\n<li>laura Jimenez bonales (vocal)<\/li>\n<li>pablo Chacon montes (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Ramiro Perezzan Rodriguez El objetivo principal de esta tesis es el dise\u00f1o y puesta a punto de 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