{"id":26907,"date":"2018-03-09T09:18:57","date_gmt":"2018-03-09T09:18:57","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/analisis-de-genomas-metodos-para-la-prediccion-y-anotacion-de-la-funcion-de-las-protea%c2%adnas\/"},"modified":"2018-03-09T09:18:57","modified_gmt":"2018-03-09T09:18:57","slug":"analisis-de-genomas-metodos-para-la-prediccion-y-anotacion-de-la-funcion-de-las-protea%c2%adnas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/analisis-de-genomas-metodos-para-la-prediccion-y-anotacion-de-la-funcion-de-las-protea%c2%adnas\/","title":{"rendered":"An\u00e1lisis de genomas. m\u00e9todos para la predicci\u00f3n y anotaci\u00f3n de la funci\u00f3n de las prote\u00ednas"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Federico Abascal Sebastian De Erice <\/strong><\/h2>\n<p>La secuenciaci\u00f3n de genomas supone un paso muy importante, pero a\u00fan estamos lejos de comprender la informaci\u00f3n que encierran estos libros de instrucciones. an\u00e1logamente a la piedra rosetta y los jerogl\u00edficos egipcios, la comparaci\u00f3n de genomas de distintos organismos ser\u00e1 la que posiblemente nos d\u00e9 algunas pistas. Para conseguirlo debemos encontrar los genes y predecir su funci\u00f3n. tambi\u00e9n debemos organizar la informaci\u00f3n de un modo tal que sea posible relacionar datos de distinta naturaleza.  este trabajo se encuadra en un proyecto para el desarrollo de un sistema autom\u00e1tico de an\u00e1lisis de genomas. El esqueleto de este robot, orfanddb, es un esquema entidad-relaci\u00f3n sobre el que se traduce la informaci\u00f3n procedente de fuentes heterog\u00e9neas: bases de datos p\u00fablicas como swiss-prot, ncbi-taxonomy, pfam u otras, as\u00ed como de los resultados de programas coo blast, psi-blast o programas de identificaci\u00f3n de genes.  la contribuci\u00f3n m\u00e1s relevante en esta tesis es la del desarrollo de un m\u00f3dulo para anotar de forma autom\u00e1tica la funci\u00f3n de las prote\u00ednas. El m\u00e9todo se basa en la idea de que las prote\u00ednas con un mismo origen evolutivo tienen funciones similares. Para encontrar estas prote\u00ednas hom\u00f3logas hemos investigado m\u00e9todos de b\u00fasqueda como blast, psi-blast o uno desarrollado por nosotros de b\u00fasqueda con secuencias intermedias. Una vez encontradas la prote\u00ednas hom\u00f3logas, aplicamos un m\u00e9todo de clustering o agrupamiento, basado en el corte normalizado de un grafo, para identificar grupos de ort\u00f3logos o subfamilias, en los que el rol de la prote\u00edna ancestral supuestamente se ha conservado a lo largo de la evoluci\u00f3n. Las anotaciones de estos ort\u00f3logos que hay en las bases de datos son la fuentes de informaci\u00f3n que usamos para anotar las prote\u00ednas nuevas o desconocidas. Para ello realizamos un an\u00e1lisis l\u00e9xico autom\u00e1tico con el fin de evitar la propagaci\u00f3n de anotaciones err\u00f3neas y de determinar qu\u00e9 descr<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>An\u00e1lisis de genomas. m\u00e9todos para la predicci\u00f3n y anotaci\u00f3n de la funci\u00f3n de las prote\u00ednas<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 An\u00e1lisis de genomas. m\u00e9todos para la predicci\u00f3n y anotaci\u00f3n de la funci\u00f3n de las prote\u00ednas <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Federico Abascal Sebastian De Erice <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Aut\u00f3noma de Madrid<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 18\/11\/2003<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Alfonso Valencia Herrera<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: Francisco Montero carnerero <\/li>\n<li>Carlos Aguirre maeso (vocal)<\/li>\n<li>joaqu\u00edn Dopazo bl\u00e1zquez (vocal)<\/li>\n<li>Jos\u00e9 Castresana villamor (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Federico Abascal Sebastian De Erice La secuenciaci\u00f3n de genomas supone un paso muy importante, pero a\u00fan estamos [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-sidebar-layout":"default","site-content-layout":"","ast-site-content-layout":"","site-content-style":"default","site-sidebar-style":"default","ast-global-header-display":"","ast-banner-title-visibility":"","ast-main-header-display":"","ast-hfb-above-header-display":"","ast-hfb-below-header-display":"","ast-hfb-mobile-header-display":"","site-post-title":"","ast-breadcrumbs-content":"","ast-featured-img":"","footer-sml-layout":"","theme-transparent-header-meta":"","adv-header-id-meta":"","stick-header-meta":"","header-above-stick-meta":"","header-main-stick-meta":"","header-below-stick-meta":"","astra-migrate-meta-layouts":"default","ast-page-background-enabled":"default","ast-page-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-4)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center 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