{"id":63446,"date":"2008-11-03T00:00:00","date_gmt":"2008-11-03T00:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/proteomica-bottom-up-y-top-down-de-organismos-poco-secuenciados-secuenciacion-de-novo-de-peptidos-biomarcadores-para-la-identificacion-de-especies-de-la-familia-merlucciidae\/"},"modified":"2008-11-03T00:00:00","modified_gmt":"2008-11-03T00:00:00","slug":"proteomica-bottom-up-y-top-down-de-organismos-poco-secuenciados-secuenciacion-de-novo-de-peptidos-biomarcadores-para-la-identificacion-de-especies-de-la-familia-merlucciidae","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/bioquimica\/proteomica-bottom-up-y-top-down-de-organismos-poco-secuenciados-secuenciacion-de-novo-de-peptidos-biomarcadores-para-la-identificacion-de-especies-de-la-familia-merlucciidae\/","title":{"rendered":"Prote\u00f3mica bottom-up y top-down de organismos poco secuenciados. secuenciaci\u00f3n de novo de p\u00e9ptidos biomarcadores para la identificaci\u00f3n de especies de la familia merlucciidae"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> M\u00f3nica Carrera Mouri\u00f1o <\/strong><\/h2>\n<p>La gran cantidad de informaci\u00f3n disponible en las bases de daos biol\u00f3gicas, junto con los r\u00e1pidos avances logrados en el campo de la prote\u00f3mica, est\u00e1n permitiendo la identificaci\u00f3n, caracterizaci\u00f3n y cuantificaci\u00f3n sistem\u00e1tica de un gran n\u00famero de prote\u00ednas. Peso a estos avances, el genoma de muchos organismos todav\u00eda es desconocido o est\u00e1 escasamente secuenciado, y en consecuencia, para muchos de ellos, el n\u00famero de registros proteicos disponibles en las bases de datos es \u00ednfimo. Tal es el caso particular de la amplia mayor\u00eda de organismos marinos, y m\u00e1s en concreto de las especies de merluza, todas ellas pertenecientes a la familia merlucciidae, -teleosteos con importantes connotaciones comerciales-, cuyo estudio es objeto de esta tesis. en esta memoria se aplican las diferentes estrategias prote\u00f3micas, tanto bottom-up como top-down, al estudio y caracterizaci\u00f3n de varias fracciones de prote\u00ednas espec\u00edficas de las distintas especies que conforman la familia merlucciidae. B\u00e1sicamente y mediante una estrategia bottom-up, el an\u00e1lisis y comparaci\u00f3n de las prote\u00ednas sarcopl\u00e1smicas del m\u00fasculo blanco de las distintas especies mediante ekectroforesis bidimensional, permiti\u00f3 la detecci\u00f3n de dos regiones potencialmente diferenciadoras. La primera de ellas correspondi\u00f3 al grupo o fracci\u00f3n de las nucle\u00f3sido difosfato quinasas (ndk) y la segunda, al grupo que componen las distintas isoformas de parvalb\u00faminas (prvb). Las diferencias en su movilidad electrofor\u00e9tica, indicativas de la presencia de variaciones aminoac\u00eddicas en sus secuencias, justificaron su posterior caracterizaci\u00f3n mediantes espectrometr\u00eda de masas (ms). La segunda fase de la estrategia bottom-up, consisti\u00f3 en la caracterizaci\u00f3n diferencial de los digeridos enzim\u00e1ticos de dichos spots mediante ms maldi-tof o mediante ms en t\u00e1ndem (ms\/ms), utilizando para ello un equipo esi-it. El an\u00e1lisis de los resultados puso de manifiesto la escasa representaci\u00f3n en la bases de datos de las prote\u00ednas pertenecientes a la familia merlucciidae, por lo que la inmensa mayor\u00eda de los espectros de fragmentaci\u00f3n, tuvieron que ser analizados empleando distintos procedimientos de secuenciaci\u00f3n de novo. De tal forma que, mediante la interpretaci\u00f3n directa y manual de sus correspondientes espectros de fragmentaci\u00f3n, asistida por los resultados obtenidos mediante los programas de secuenciaci\u00f3n de novo autom\u00e1ticos peaks y denovox y fundamentalmente mediante el prototipo en desarrollo de parseq 4, as\u00ed como la interpretaci\u00f3n manual asistida por el marcaje isot\u00f3pico estable con 18o, se logr\u00f3 la identificaci\u00f3n y secuenciaci\u00f3n de novo de un total de 13 isoformas distintas de las ndk y 42 isoformas distintas de las prvb, de las cuales 26 isoformas de prvb fueron secuenciadas completamente. asimismo, la comparaci\u00f3n de las secuencias obtenidas para las distintas ndk y prvb permiti\u00f3 la identificaci\u00f3n de un conjunto de p\u00e9ptidos comunes y de otros diferenciales, que fueron considerados como p\u00e9ptidos biomarcadores. Estos p\u00e9ptidos fueron utilizados mediante un novedoso desarrollo metodol\u00f3gico basado en su monitorizaci\u00f3n mediante ms, que logra la identificaci\u00f3n de las distintas especies comerciales de la familia merlucciidae, de la menra m\u00e1s r\u00e1pida (<2h) y eficiente disponible hasta el momento. Con este nuevo procedimiento, se consigue la identificaci\u00f3n de la especie, o de mezclas de especies en cualquier producto o subproducto fresco, refrigerado, congelado, elaborado o precocinado, obtenido a partir de especies pertenecientes a la familia merlucciidae.  finalmente, por medio de una estrategia top-down utilizando un espectr\u00f3metro de masas de alta resoluci\u00f3n (fticr), se llev\u00f3 a cabo el an\u00e1lisis y caracterizaci\u00f3n de la fracci\u00f3n de prvb, esta vez sin digerir. Esta estrategia permiti\u00f3 por un lado el plantemiento de un nuevo procedimiento de identificaci\u00f3n, en base a la determinaci\u00f3n precisa de las m, del conjunto de isoformas de prvb para cada especie y por el otro, la confirmaci\u00f3n de los resultados obtenidos de la secuenciaci\u00f3n de novo completa de las prvb mediante la estrategia bottom-up.\n\n\n\n&nbsp;\n\n\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Prote\u00f3mica bottom-up y top-down de organismos poco secuenciados. secuenciaci\u00f3n de novo de p\u00e9ptidos biomarcadores para la identificaci\u00f3n de especies de la familia merlucciidae<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Prote\u00f3mica bottom-up y top-down de organismos poco secuenciados. secuenciaci\u00f3n de novo de p\u00e9ptidos biomarcadores para la identificaci\u00f3n de especies de la familia merlucciidae <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 M\u00f3nica Carrera Mouri\u00f1o <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Vigo<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 11\/03\/2008<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Jos\u00e9 Manuel Gallardo Abuin<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: laura S\u00e1nchez pi\u00f1\u00f3n <\/li>\n<li>concepcion Gil garcia (vocal)<\/li>\n<li>Jes\u00fas Vazquez cobos (vocal)<\/li>\n<li>Jorge Barros vel\u00e1zquez (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de M\u00f3nica Carrera Mouri\u00f1o La gran cantidad de informaci\u00f3n disponible en las bases de daos biol\u00f3gicas, junto con 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