{"id":63632,"date":"2018-03-09T22:51:36","date_gmt":"2018-03-09T22:51:36","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/potenciales-basados-en-topologa%c2%ada-para-el-estudio-de-las-transiciones-de-plegamiento-y-agregacion-de-protea%c2%adnas\/"},"modified":"2018-03-09T22:51:36","modified_gmt":"2018-03-09T22:51:36","slug":"potenciales-basados-en-topologa%c2%ada-para-el-estudio-de-las-transiciones-de-plegamiento-y-agregacion-de-protea%c2%adnas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/potenciales-basados-en-topologa%c2%ada-para-el-estudio-de-las-transiciones-de-plegamiento-y-agregacion-de-protea%c2%adnas\/","title":{"rendered":"Potenciales basados en topolog\u00eda para el estudio de las transiciones de plegamiento y agregaci\u00f3n de prote\u00ednas."},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Lidia Prieto Fr\u00edas <\/strong><\/h2>\n<p>Una de las caracter\u00edsticas m\u00e1s importantes de las prote\u00ednas es que, en condiciones fisiol\u00f3gicas, adquieren una estructura tridimensional compacta que determina su funci\u00f3n biol\u00f3gica. Al proceso mediante el cual se pasa de un estado desordenado (desnaturalizado) a la estructura funcional (estado nativo) se le llama proceso de plegamiento. En los \u00faltimos a\u00f1os se han realizado esfuerzos para tener un mejor entendimiento de la superficie de energ\u00eda potencial del proceso. Un hecho que parece aceptado es que esta superficie tiene forma de embudo, de manera que el plegamiento est\u00e1 dirigido hacia la adquisici\u00f3n del estado nativo, debido a que las interacciones que intervienen no entran en conflicto unas con otras, sino que cooperan entre s\u00ed. Una consecuencia inmediata de esta superficie de energ\u00eda en forma de embudo es que la estructura del estado nativo determina la superficie de energ\u00eda libre del sistema y, por lo tanto, el mecanismo de plegamiento. En este trabajo de tesis doctoral hemos estudiado la validez de esta hip\u00f3tesis. Para ello, hemos llevado a cabo simulaciones moleculares utilizando un potencial de interacci\u00f3n basado en la topolog\u00eda del estado nativo. Dichas simulaciones se han realizado mediante el m\u00e9todo de monte carlo combinado con la t\u00e9cnica del parallel tempering. En primer lugar hemos llevado a cabo un estudio metodol\u00f3gico de este tipo de potenciales, viendo cu\u00e1les son las implicaciones en la termodin\u00e1mica del plegamiento de los distintos par\u00e1metros, tales como la definici\u00f3n del mapa de contactos que determina las interacciones que se tienen en cuenta en el potencial (topolog\u00eda del estado nativo) y la anchura del potencial, que tiene una influencia directa sobre la aparici\u00f3n de una barrera de energ\u00eda libre en el plegamiento. Una vez que hemos encontrado los par\u00e1metros m\u00e1s adecuados para el potencial, hemos pasado a utilizarlo para estudiar el papel de las interacciones de largo y corto alcance. Por un lado, hemos modificado la intensidad relativa de dichas interacciones de manera artificial y, por otro, hemos analizado varias prote\u00ednas con diferentes proporciones de estos tipos de interacciones. Este estudio nos ha llevado a dos conclusiones importantes: para que la transici\u00f3n de plegamiento sea coopeativa debe existir un equilibrio entre los dos tipos de interacciones y este equilibrio debe ser intr\u00ednseco a la estructura. Como este potencial permite reproducir las caracter\u00edsticas termodin\u00e1micas del plegamiento, hemos comprobado c\u00f3mo fluyen \u00e9stas en el proceso de agregaci\u00f3n. Para ello, hemos llevado a cabo simulaciones de sistemas de varias cadenas y hemos comprobado que la presencia de una barrera de energ\u00eda libre a lo largo del plegamiento es un mecanismo importante de prevenci\u00f3n del proceso de agregaci\u00f3n. Sin embargo, dadas sus caracter\u00edsticas, el potencial utilizado hasta ahora es insuficiente para estudiar el proceso de agregaci\u00f3n, por lo que hemos modificado para comprobar c\u00f3mo unas interacciones de tipo m\u00e1s gen\u00e9rico dan lugar a una mayor tendencia a la agregaci\u00f3n.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Potenciales basados en topolog\u00eda para el estudio de las transiciones de plegamiento y agregaci\u00f3n de prote\u00ednas.<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Potenciales basados en topolog\u00eda para el estudio de las transiciones de plegamiento y agregaci\u00f3n de prote\u00ednas. <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Lidia Prieto Fr\u00edas <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Complutense de Madrid<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 27\/03\/2008<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Antonio Rey Gayo<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: Francisco javier Aoiz moleres <\/li>\n<li>v\u00edctor Mu\u00f1oz van de eynde (vocal)<\/li>\n<li>Santiago Lago aranda (vocal)<\/li>\n<li>Javier Sancho sanz (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Lidia Prieto Fr\u00edas Una de las caracter\u00edsticas m\u00e1s importantes de las prote\u00ednas es que, en condiciones fisiol\u00f3gicas, 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