{"id":64902,"date":"2008-02-06T00:00:00","date_gmt":"2008-02-06T00:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/molecular-diversity-and-evolution-of-ty3-gypsy-and-retroviridae-ltr-retroelements-and-their-evolutionary-relationships-with-aspartic-peptidases-of-clan-aa\/"},"modified":"2008-02-06T00:00:00","modified_gmt":"2008-02-06T00:00:00","slug":"molecular-diversity-and-evolution-of-ty3-gypsy-and-retroviridae-ltr-retroelements-and-their-evolutionary-relationships-with-aspartic-peptidases-of-clan-aa","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/ciencias-medicas\/molecular-diversity-and-evolution-of-ty3-gypsy-and-retroviridae-ltr-retroelements-and-their-evolutionary-relationships-with-aspartic-peptidases-of-clan-aa\/","title":{"rendered":"Molecular diversity and evolution of ty3\/gypsy and retroviridae ltr retroelements and their evolutionary relationships with aspartic peptidases of clan aa"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Carlos Llorens Candela <\/strong><\/h2>\n<p>Motivaci\u00f3n. Esta tesis pretende implementar y clasificar la diversidad de los elementos gen\u00e9ticos m\u00f3viles, evaluando su impacto e historia evolutiva a partir del \u00e1rbol de la vida. contexto: esta tesis se considera la semilla de un proyecto en continuo progreso en pro de clasificar la diversidad de los elementos gen\u00e9ticos m\u00f3viles, evaluando su impacto e historia evolutiva a partir del \u00e1rbol de la vida. El proyecto es abordable por versiones, a trav\u00e9s de una base de datos denominada \u00abthe gypsy database (gydb) of mobile genetic elements\u00bb la base de datos es accesible en esta url http.\/\/Gydb.Uv.Es. La primera versi\u00f3n contempla la historia evolutiva y taxonom\u00eda de los retroelementos con l trs de tipo ty3\/gypsy y retroviridae. tambi\u00e9n, se consideran varias familias g\u00e9nicas no virales surgidas en la evoluci\u00f3n como novedades evolutivas vinculadas a estos elementos m\u00f3viles. Por su variabilidad, se profundiza en el clan aa de las peptidasas asp\u00e1rticas. Este supergrupo de enzimas relaciona la diversidad en general de dimeros proteasa, expresados por los retroelementos con l trs con pepsinas eucariotas y varios grupos de peptidasas homodominio de car\u00e1cter no viral, descritas en procariotas y eucariotas. m\u00e9todos: esta tesis se fundamenta en 120 genomas completos de retroelementos con l trs de tipo ty3\/gypsy and retroviridae, as\u00ed como en 323 peptidasas del clan aa; 111 cromodominios eucariotas y 6 integrasas de tipo gin-1. Las secuencias fueron obtenidas a partir de distintas b\u00fasquedas realizadas en el national center of biotechnology information (ncbi, http.\/\/Www.Ncbi.Nlm.Nih.Gov\/). La b\u00fasqueda se acompa\u00f1\u00f3 de una investigaci\u00f3n documental sobre las dos familias de elementos m\u00f3viles y familias no virales relacionadas todo el material fue organizado en un compendio de web sites centralizados en una sola herramienta mysql programada en php. La informaci\u00f3n biol\u00f3gica se proces\u00f3 en pro de desarrollar una colecci\u00f3n no redundante de alineamientos m\u00faltiples de prote\u00ednas y secuencias consenso. La metodolog\u00eda fue derivativa de estrategias de alineamiento y refinado manual de secuencias no redundantes, perfiles ocultos de markov, teor\u00eda de la informaci\u00f3n y reconstrucci\u00f3n de estados ancestrales por m\u00e1xima verosimilitud. Los alineamientos fueron procesados a trav\u00e9s de distintos an\u00e1lisis de reconstrucci\u00f3n filogen\u00e9tica para organizar la base de datos con criterio evolutivo. Resultados: la base de datos gypsy se implementa por un compendio de discusiones y citaciones que facilitan una mejor visi\u00f3n taxon\u00f3mica de la diversidad e historia evolutiva de retroelementos con l trs de tipo ty3\/gypsy y retroviridae y clan aa. Esto se fundamenta en la clasificaci\u00f3n de las distintas especies moleculares pertenecientes a dichas familias en grupos monofil\u00e9ticos reportados a partir de una \u00fanica filogenia gag-pro-pol. Esta distinci\u00f3n nos ha permitido generar una colecci\u00f3n secuencias y perfiles de markov ocultos, accesibles a trav\u00e9s de servidores blast y hmmer que facilitan, la identificaci\u00f3n taxon\u00f3mica de cualquier especie molecular de tipo ty3\/gypsy y retroviridae. Hemos recreado tambi\u00e9n un escenario de ancestralidad basado en m\u00faltiples ancestros por cuanto a la historia evolutiva del clan aa. Este escenario se centra en la reconstrucci\u00f3n ancestral de 34 clusters arquitecturales y una cohorte adicional de secuencias ancestrales, intermediaria entre las peptidasas de procariotas y eucariotas. La arquitectura de dominio proteico de esta cohorte representa el consenso m\u00e1s veros\u00edmil describiendo la secuencia maestra predominante entre la verdadera cohorte de ancestros del clan aa durante la transici\u00f3n de procariotas a eucariotas. En base a esta arquitectura proteica, anclada en 6 motivos amino acid\u00edcos denominado \u00abdtg\/ilg t\u00e9mplate\u00bb (en argot anglosaj\u00f3n), se descifra la variabilidad del motivo 3 de esta arquitectura como indicador evolutivo de un cierto n\u00famero de polimorfismos conformacionales de alas (flaps) evolutivamente presenados dependiendo del linaje. conclusiones: todos los dominios proteicos codificados por la regi\u00f3n interna gag-pro-pol com\u00fan a los retroelementos ty3\/gypsy y retroviridae concurren en una \u00fanica historia evolutiva, consistente con los an\u00e1lisis filogen\u00e9ticos previamente reportados en base ala transcriptasa reversa. Esta historia evolutiva no termina de explicar ciertas perspectivas basadas en la topolog\u00eda de ramas internas, que se presumen podr\u00edan quedar sesgadas en algunos casos por el efecto combinado de evoluci\u00f3n vertical y horizontal. El desacuerdo reside en la discrepancia entre el agolpamiento de grupos monofil\u00e9ticos y la distribuci\u00f3n biol\u00f3gica de la diversidad conocida de estas dos familias. Esta diversidad junto a la descrita en base a otros linajes de retroelementos con l trs parece tener un punto de emergencia com\u00fan anterior ala secesi\u00f3n evolutiva entre los viridiplantae y los ophistokont. Esto es consistente con el big bang de diversidad biol\u00f3gica previamente propuesto por otro autor. El modelo de big bang contempla una primera fase de ensamblaje de elementos gen\u00e9ticos sencillos en combinaciones m\u00e1s complejas. En la segunda fase, se consideran la emergencia de los patrones filogen\u00e9ticos conocidos en base a las distintas formas de especiaci\u00f3n biol\u00f3gica. A trav\u00e9s de este modelo nosotros relacionamos la captura del dominio proteasa por los retrotransposones tempranos desde una cohorte de alelos peptidasa desde peptidasas procariotas y eucariotas. En esta tesis hemos abstra\u00eddo el fenotipo molecular com\u00fan a toda esta cohorte de alelos peptidasa, a partir de la abstracci\u00f3n de una arquitectura proteica, consenso que hemos denominado \u00abdtg\/ilg template\u00bb. Este arquitectura esta contextualmente preservada por cuanto a las propiedades fisicoqu\u00edmicas, que hemos divido en seis motivos amino ac\u00eddicos probablemente esenciales en la preservaci\u00f3n de la estructura supersecundaria de andreeva, com\u00fan con obvias diferencias conformacionales, a todas las peptidasas del clan aa. A partir de la variabilidad en alelos reportada por el motivo 3 del dtg\/ilg t\u00e9mplate se han investigado los or\u00edgenes ty3\/gypsy de los retrovirus de vertebrados. hemos contrastando los polimorfismos de flaps reportados por el motivo 3 con otros dos indicadores evolutivos; presencia\/ausencia y n\u00famero en series de dedos de zinc (cchc arrays) por nucleoc\u00e1psida, y polimorfismos en motivos gpy\/f y modulo en el extremo c-terminal de la integrasa. Tambi\u00e9n se ha realizado an\u00e1lisis comparativos entre poliprote\u00ednas gag. Nuestros an\u00e1lisis apoyan los siete grupos monofil\u00e9ticos retroviridae consistentes con la nomenclatura de g\u00e9neros propuesta por el comit\u00e9 internacional de taxonom\u00eda de virus. No obstante, estudios m\u00e1s recientes asocian los retrovirus end\u00f3genos y ex\u00f3genos por medio de las tres clases retrovirales i, ii y iii. Estas tres clases quedan relacionadas en nuestras investigaciones con varios linajes ty3\/gypsy de plantas, hongos y animales, desde donde sugerimos que el origen de la diversidad actual en retrovirus de vertebrados podr\u00eda ser anterior a la secesi\u00f3n evolutiva entre organismos prot\u00f3stomos y deuter\u00f3stomos. Tal diversidad se presume por consiguiente, polifil\u00e9tica y mucho m\u00e1s antigua de lo previamente supuesto. Proponemos con ello que la interpretaci\u00f3n m\u00e1s simple de nuestros resultados es que las clases retrovirales i, ii y iii constituyen el trazo evolutivo de al menos tres linajes de pro-retrovirus emergidos desde la diversidad ty3\/gypsy en distintos tiempos evolutivos. A esto lo denominamos la hip\u00f3tesis de los tres reyes. De hecho la distribuci\u00f3n de retroelementos con l trs de eucariotas al completo delinea el contexto de una radiaci\u00f3n ancestral de elementos gen\u00e9ticos m\u00f3viles cuyo origen m\u00e1s probable data en alg\u00fan momento de la evoluci\u00f3n durante la transici\u00f3n de procariotas a eucariotas por reclutamiento y recombinaci\u00f3n de elementos gen\u00e9ticos menores como las peptidasas del clan aa. La diversidad en patrones filogen\u00e9ticas de dicha radiaci\u00f3n se encuentra todav\u00eda en expansi\u00f3n y alterna episodios de evoluci\u00f3n gradual con incrementos de variabilidad por recombinaci\u00f3n, reclutamiento g\u00e9nico y reordenamiento gen\u00f3mico de los retroelementos. Todo esto parece ser coincidente con las grandes transiciones biol\u00f3gicas y cambios en la complejidad celular y molecular de organismos eucariotas. Con ello la hip\u00f3tesis de los tres reyes asume que la diversidad ancestral en linajes ty3\/gypsy y retroviridae fue probablemente substrato de variabilidad intr\u00ednseca, modelada por los constre\u00f1imientos extr\u00ednsecos impuestos por los cambios en complejidad celular y molecular de los hospedadores animales; la propia competici\u00f3n natural e interacciones de los retroelementos; y las distorsiones en los patrones reproductivos de las poblaciones hospedadoras provocadas por las actividades de los elementos transponibles.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Molecular diversity and evolution of ty3\/gypsy and retroviridae ltr retroelements and their evolutionary relationships with aspartic peptidases of clan aa<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Molecular diversity and evolution of ty3\/gypsy and retroviridae ltr retroelements and their evolutionary relationships with aspartic peptidases of clan aa <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Carlos Llorens Candela <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Universitat de val\u00e9ncia (estudi general)<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 02\/06\/2008<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Andres Moya Simarro<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: juli Peret\u00f3 magraner <\/li>\n<li>horacio Naveira fachal (vocal)<\/li>\n<li>Antonio Mar\u00edn rodr\u00edguez (vocal)<\/li>\n<li>Antonio Barbadilla prados (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Carlos Llorens Candela Motivaci\u00f3n. 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