{"id":66667,"date":"2018-03-09T22:55:00","date_gmt":"2018-03-09T22:55:00","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/crystallographic-study-on-oligonucleotide-coiled-coils\/"},"modified":"2018-03-09T22:55:00","modified_gmt":"2018-03-09T22:55:00","slug":"crystallographic-study-on-oligonucleotide-coiled-coils","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/acidos-nucleicos\/crystallographic-study-on-oligonucleotide-coiled-coils\/","title":{"rendered":"Crystallographic study on oligonucleotide coiled-coils"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Daniela De Luchi <\/strong><\/h2>\n<p>En la presente tesis doctoral se han realizado estudios estructurales de dna. Estudios previos han demostrado que los coiled-coils  de d(atatatatatat) y d(atatatatat) tienen unos par\u00e1metros geom\u00e9tricos muy diferentes. El objetivo de esta tesis es aclarar las propiedades de los coiled-coils.  con esta finalidad se han estudiado por cristalograf\u00eda de rayos x oligonucle\u00f3tidos con diferentes secuencias y con extremos cohesivos que fijen la geometr\u00eda de los coiled-coils. Se han utilizado oligonucle\u00f3tidos con la secuencia d(cg)n(at)m o (at)m(cg)n y  otros semejantes. En la mayor parte de ellos n=1 y m>1, con lo que el extremo cohesivo es normalmente la secuencia cg. La  estructura (a una resoluci\u00f3n de 3.1 \u00ed\u00a5) de los cristales generados por la secuencia d(cgatatatatat) ha sido resuelta y publicada  (de luchi et al., Chembiochem 2006, 7, 585-587). La estructura es isomorfa con la estructura de d(at)6 y los enlaces a puente de  hidrogeno entre las bases a y t son de tipo hoogsteen, como en el caso de la secuencia d(atatat). Se han obtenido diferentes  tipos de coiled-coils y se han estudiado sus caracter\u00edsticas y propiedades.     hemos analizado las propiedades geom\u00e9tricas de los coiled coils: hemos visto que los par\u00e1metros que determinan el numero de oligonucle\u00f3tidos por vuelta son el kink angle \u00c2\u00bf, y el \u00e1ngulo de torsi\u00f3n \u00c2\u00bf. Ha sido estudiada la relaci\u00f3n entre estos par\u00e1metro, en  funci\u00f3n del numero de oligonucle\u00f3tidos por vuelta n y el \u00e1ngulo de inclinaci\u00f3n \u00edY del coiled-coil.    hemos intentado determinar si la formaci\u00f3n de apareamientos de tipo hoogsteen puede influir en la geometr\u00eda de los coiled-coils,  los resultados sugieren que los puentes de hidrogeno de tipo hoosteeen favorecen la formaci\u00f3n de coiled-coils, mientras los  enlaces de tipo watson-crick generan mas  f\u00e1cilmente estructuras est\u00e1ndar  de dna pseudocontinuas. La secuencia  d(cgatatgcatat) genera columnas tradicionales de dna, las bases centrales g y c, apare\u00e1ndose con enlaces watson-crick  fuerzan las bases ats a aparearse de la misma manera, generando as\u00ed una h\u00e9lice recta pseudocontinua.    como complemento de estos estudios se han obtenido las curvas de fusi\u00f3n de oligonucle\u00f3tidos ricos en at, los resultados, que incluyen una formula que permite un calculo aproximado de la temperatura de fusi\u00f3n de secuencias cortas de dna, han sido  publicados (de luchi et al., Analytical biochemistry, 2003, 322, 279-282).    tambi\u00e9n he tenido la oportunidad de refinar la estructura de d(tagg) en complejo con un derivado antraquinonico que ya hab\u00eda  sido resuelta en nuestro laboratorio. Inesperadamente, encontramos que en esta estructura no se forman g-cu\u00e1druplex como fue  descrito en soluci\u00f3n por kettani et al, las mol\u00e9culas de f\u00e1rmaco, a trav\u00e9s de interacciones de  stacking forman un ret\u00edculo de columnas perpendiculares una a la otra, estabilizado en los crossing points por las flexibles y cortas mol\u00e9culas de dna. La flexibilidad del dna gracias a sus siete \u00e1ngulos de torsi\u00f3n, le permite adoptar una conformaci\u00f3n tal que se adapta a la estructura  creada por las columnas de f\u00e1rmaco. La capacidad de formar diferentes tipos de enlaces a puente de hidrogeno estabiliza su conformaci\u00f3n en este caso no can\u00f3nica.  En esta estructura hemos encontrado los siguientes tipos de enlaces a puente de hidrogeno: est\u00e1ndar watson-crick, reverse watson-crick, interacciones sim\u00e9tricas guanina-guanina.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Crystallographic study on oligonucleotide coiled-coils<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Crystallographic study on oligonucleotide coiled-coils <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Daniela De Luchi <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Polit\u00e9cnica de catalunya<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 25\/07\/2008<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Juan  Antonio Subirana Torrent<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: ignacio Fita rodriguez <\/li>\n<li>alda Hebe lanfranconi (vocal)<\/li>\n<li>Carlos Gonz\u00e1lez ib\u00e1\u00f1ez (vocal)<\/li>\n<li>lioudmila Malinina (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Daniela De Luchi En la presente tesis doctoral se han realizado estudios estructurales de dna. 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