{"id":96316,"date":"2018-03-11T10:16:30","date_gmt":"2018-03-11T10:16:30","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/xanthomonas-citri-subsp-citri-causal-agentof-citrus-bacterial-canker-isolation-andmolecular-detection-methods-evaluation-ofsurvival-in-fruits\/"},"modified":"2018-03-11T10:16:30","modified_gmt":"2018-03-11T10:16:30","slug":"xanthomonas-citri-subsp-citri-causal-agentof-citrus-bacterial-canker-isolation-andmolecular-detection-methods-evaluation-ofsurvival-in-fruits","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/politecnica-de-valencia\/xanthomonas-citri-subsp-citri-causal-agentof-citrus-bacterial-canker-isolation-andmolecular-detection-methods-evaluation-ofsurvival-in-fruits\/","title":{"rendered":"Xanthomonas citri subsp. citri, causal agentof citrus bacterial canker: isolation andmolecular detection methods, evaluation ofsurvival in fruits"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Morteza Golmohammadi <\/strong><\/h2>\n<p>La cancrosis de los c\u00edtricos, causada por xanthomonas citri subsp. Citri (xcc), es una de las enfermedades bacterianas m\u00e1s graves que afecta a este cultivo. Se caracteriza por lesiones eruptivas en las hojas, frutos y ramas y por la disminuci\u00f3n de la calidad y la producci\u00f3n de los frutos. Esta enfermedad no se ha detectado en ning\u00fan pa\u00eds de la uni\u00f3n europea (ue) donde xcc est\u00e1 considerada como un organismo de cuarentena seg\u00fan la normativa vigente. La importaci\u00f3n de frutos con s\u00edntomas, si se confirma que han sido producidos por xcc, est\u00e1 siempre prohibida a pesar de los tratamientos aplicados y lleva al rechazo del lote. Seg\u00fan la legislaci\u00f3n de la ue, en todos los pa\u00edses europeos se deben analizar las muestras de frutos importados con s\u00edntomas sospechosos, cuando se importan de \u00e1reas donde est\u00e1 presente esta enfermedad. Se hab\u00edan  propuesto varios protocolos para la detecci\u00f3n rutinaria del agente causal de la cancrosis, pero hasta el momento no se hab\u00eda realizado un estudio sobre la detecci\u00f3n de x. A. Citri en frutos comerciales importados. En esta tesis doctoral, en primer lugar se ha estudiado la aplicaci\u00f3n de una  metodolog\u00eda de detecci\u00f3n que combina el aislamiento bacteriano en medio de cultivo con m\u00e9todos basados en pcr convencional y a tiempo real. Para ello, se compar\u00f3 la eficacia del aislamiento de la bacteria, seguido del an\u00e1lisis de la patogenicidad en hoja de pomelo, de tres protocolos convencionales de pcr y dos protocolos de pcr a tiempo real (con sybr green y con sonda taqman). Estos m\u00e9todos se han empleado para analizar frutos con s\u00edntomas de cancrosis, importados a espa\u00f1a en los \u00faltimos a\u00f1os de varios pa\u00edses sudamericanos donde est\u00e1 presente esta enfermedad (argentina, uruguay, brasil y m\u00e9xico). El an\u00e1lisis de los datos obtenidos  nos ha mostrado que una estrategia de detecci\u00f3n que incluya diversas t\u00e9cnicas parece m\u00e1s apropiada para evitar falsos positivos y falsos negativos y introducci\u00f3n de esta bacteria en la ue. Por otra parte, la t\u00e9cnica de pcr en tiempo real se ha mostrado como la m\u00e1s sensible y se propone como t\u00e9cnica inicial en el an\u00e1lisis de los frutos importados. en la segunda parte de la tesis se ha evaluado el uso de distintos mrnas y rrnas, como marcadores de viabilidad para su aplicaci\u00f3n en estudios de de la supervivencia bacteriana de xcc con el fin de ser utilizados en estudios epidemiol\u00f3gicos y de control de la enfermedad, as\u00ed como su posible uso en los protocolos de diagn\u00f3stico rutinario. Para ello, el arn total de bacterias sometidas a diferentes tratamientos bactericidas (alta temperatura y tratamiento con orthofenilfenato s\u00f3dico) fue extra\u00eddo a diferentes per\u00edodos de tiempo despu\u00e9s de los tratamientos y analizado por retrotranscripci\u00f3n-pcr cuantitativa en tiempo real (qrt-pcr ) utilizando iniciadores dise\u00f1ados a partir de genes del rrna y del mrna. De todos los fragmentos de arn estudiados, \u00fanicamente el mrna (480 pb) correspondiente al gen gumd fue detectado espec\u00edficamente en las c\u00e9lulas vivas de xcc,  mientras que otros fragmentos de arn fueron detectados tanto en c\u00e9lulas vivas como muertas. Un an\u00e1lisis detallado de la variaci\u00f3n en los ciclos umbrales de fluorescencia (ct), as\u00ed como un estudio de cuantificaci\u00f3n relativa siguiendo el m\u00e9todo del \u00c2\u00bf\u00c2\u00bfct demostr\u00f3 que adem\u00e1s del fragmento de 480 pb descrito m\u00e1s arriba, las concentraciones de otros fragmentos de arn de genes implicados en la s\u00edntesis de xantano y del procesamiento de adn sufrieron variaciones significativas despu\u00e9s de los tratamientos bactericidas. Por lo tanto, el fragmento secuenciado de arnm del gene gumd (480 pb) es un marcador \u00fatil para la determinaci\u00f3n de c\u00e9lulas viables de xcc, adem\u00e1s los niveles de concentraci\u00f3n de otros arns, pueden ser utilizados como par\u00e1metros de viabilidad.  en la tercera parte de la tesis se ha ensayado otro m\u00e9todo con inter\u00e9s potencial para la detecci\u00f3n de c\u00e9lulas viables. En este estudio hemos desarrollado un protocolo basado en nasba (amplificaci\u00f3n isoterma) para la detecci\u00f3n de secuencias espec\u00edficas del genoma de xcc con tres parejas de iniciadores dise\u00f1ados sobre la base del gene  16s rrna y del gene gumd de la cepa xcc 306. Las suspensiones de la bacteria fueron sometidas a diferentes tratamientos t\u00e9rmicos y qu\u00edmicos que inclu\u00edan una elevada concentraci\u00f3n de ortofenilfenato s\u00f3dico, con el fin de  evaluar la metodolog\u00eda as\u00ed como la eficacia de estos m\u00e9todos de control. El an\u00e1lisis  nasba puso de manifiesto la eficacia del ortofenilfenilfenato s\u00f3dio como compuesto bactericida para eliminar la posibilidad de in\u00f3culo de xcc in vitro de muestras y una vez m\u00e1s el fragmento de arnm del gen gumd gen se mostr\u00f3 como un buen marcador para la detecci\u00f3n de bacterias viables. en la \u00faltima parte de la tesis se ha estudiado la supervivencia de xcc en condiciones de estr\u00e9s. Se ha evaluado el comportamiento de la bacteria frente a diferentes concentraciones del sulfato de cobre en medio m\u00ednimo a una temperatura optima para xcc,. Se ha demostrado que el cobre induce el estado viable no cultivable (vbnc) en esta bacteria, que es una estrategia de supervivencia de varias especies de bacterias pat\u00f3genas. Las c\u00e9lulas que entran en el estado vbnc se han podido recuperar al estado cultivable y su poder pat\u00f3geno, se ha reproducido en hoja de pomelo. Algunas caracter\u00edsticas de estas c\u00e9lulas en estado vbnc, como la integridad de sus membranas o la presencia de determinados secuencias de arn se ha estudiado en ellas. Los estudios realizados, contribuyen a mejorar los protocolos de diagn\u00f3sticos  de xcc en frutos c\u00edtricos y el conocimiento de la biolog\u00eda de esta bacteria en los mismos.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Xanthomonas citri subsp. citri, causal agentof citrus bacterial canker: isolation andmolecular detection methods, evaluation ofsurvival in fruits<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Xanthomonas citri subsp. citri, causal agentof citrus bacterial canker: isolation andmolecular detection methods, evaluation ofsurvival in fruits <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Morteza Golmohammadi <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Polit\u00e9cnica de Valencia<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 30\/09\/2009<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Mar\u00eda Milagros L\u00f3pez Gonz\u00e1lez<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: emilio Montesinos segui <\/li>\n<li>Jes\u00fas Murillo Martinez (vocal)<\/li>\n<li>edson Bertolini (vocal)<\/li>\n<li>ester Marco noales (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Morteza Golmohammadi La cancrosis de los c\u00edtricos, causada por xanthomonas citri subsp. 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