{"id":96554,"date":"2018-03-11T10:16:48","date_gmt":"2018-03-11T10:16:48","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/nmr-and-saxs-studies-of-protein-oligomerization-the-effect-of-arginine-and-glutamic-acid-on-proteins-and-their-complexes\/"},"modified":"2018-03-11T10:16:48","modified_gmt":"2018-03-11T10:16:48","slug":"nmr-and-saxs-studies-of-protein-oligomerization-the-effect-of-arginine-and-glutamic-acid-on-proteins-and-their-complexes","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/barcelona\/nmr-and-saxs-studies-of-protein-oligomerization-the-effect-of-arginine-and-glutamic-acid-on-proteins-and-their-complexes\/","title":{"rendered":"Nmr and saxs studies of protein oligomerization. the effect of arginine and glutamic acid on proteins and their complexes"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Jascha Blobel <\/strong><\/h2>\n<p>1. Se ha desarrollado una metodolog\u00eda para el an\u00e1lisis de datos de saxs de prote\u00ednas que participan en procesos de oligomerizaci\u00f3n con afinidades medias y d\u00e9biles. Esta metodolog\u00eda analiza simult\u00e1neamente curvas de saxs medidas a distintas concentraciones de prote\u00edna utilizando el algoritmo mcr-als. Este m\u00e9todo permite la extracci\u00f3n de curvas de dispersi\u00f3n del mon\u00f3mero y d\u00edmero de lmwptp as\u00ed como la constante de disociaci\u00f3n sin utilizar ning\u00fan tipo de informaci\u00f3n estructural previa. Simulaciones num\u00e9ricas muestran que el algoritmo se puede utilizar tambi\u00e9n para estudiar equilibrios m\u00e1s complejos. Las limitaciones del m\u00e9todo fueron analizadas y dependen del n\u00famero de curvas experimentales de saxs y de las concentraciones relativas de todas las especies involucradas en el equilibrio.   2. Los l\u00edmites en la aplicaci\u00f3n del mcr-als a datos experimentales de saxs se han demostrado para el caso de stat5a donde s\u00f3lo se han medido tres curvas a concentraciones diferentes. La metodolog\u00eda mcr-als demostr\u00f3 claramente que s\u00f3lo dos especies est\u00e1n presentes en el equilibrio y sugiri\u00f3 la presencia de un d\u00edmero antiparalelo en equilibrio con la forma monom\u00e9rica. Con los limitados datos experimentales disponibles el resultado s\u00f3lo se pudo confirmar mediante un an\u00e1lisis basado en las estructuras tridimensionales disponibles.  3. Se ha demostrado que la oligomerizaci\u00f3n de la fosfatasa bovina de bajo peso molecular puede ser estudiada mediante rmn de 129xe. En presencia de re los \u00e1tomos de xen\u00f3n son exclusivamente sensibles a la presencia de nuevas especies que aparecen a concentraciones de prote\u00edna mayores de 0.4 mm. Como la progresi\u00f3n del desplazamiento qu\u00edmico de 129xe con el aumento de concentraci\u00f3n de prote\u00edna corresponde a la progresi\u00f3n de la concentraci\u00f3n del tetr\u00e1mero, se sugiere que los \u00e1tomos xe se unen espec\u00edficamente a los tetr\u00e1meros de lmwptp.   4. Se ha sugerido que los distintos efectos de la mezcla arginina-glut\u00e1mato sobre prote\u00ednas provienen de la capacidad de dicha mezcla de inducir la compactaci\u00f3n de los lazos flexibles que se extienden a partir de la superficie de prote\u00ednas globulares. Esta hip\u00f3tesis est\u00e1 apoyada por datos de saxs y rmn obtenidos en distintas prote\u00ednas. La mezcla re es excluida de la superficie de la prote\u00edna y la compactaci\u00f3n parece estar mediada por un efecto de volumen excluido. La compactaci\u00f3n explica resultados previos de otros grupos sobre el aumento de solubilidad y estabilidad a proteasas en presencia de re ya que la agregaci\u00f3n tiene lugar preferentemente entre regiones flexibles y \u00e9stas son tambi\u00e9n las dianas preferentes de proteasas.  5. Un proceso de oligomerizaci\u00f3n de baja afinidad ha sido detectado inequ\u00edvocamente para el caso de una lmwptp de bacillus subtilis utilizando principalmente datos de relajaci\u00f3n obtenidos por rmn. Las propiedades termodin\u00e1micas y las caracter\u00edsticas estructurales del d\u00edmero son muy similares a las previamente observadas para la lmwptp bovina, a pesar de la baja identidad en la secuencia primaria (30%) entre ambas prote\u00ednas. Una especie mayor tetram\u00e9rica con una constante de disociaci\u00f3n en el rango \u00c2\u00bfm tambi\u00e9n fue observada, de manera equivalente al caso de la lmwptp eucariota. La conservaci\u00f3n de las caracter\u00edsticas estructurales y termodin\u00e1micas de la oligomerizaci\u00f3n en dos reinos distintos sugiere la relevancia de la oligomerizaci\u00f3n de lmwptps y refuerza el modelo de la inhibici\u00f3n de lmwptp a trav\u00e9s de las especies oligom\u00e9ricas in vivo.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Nmr and saxs studies of protein oligomerization. the effect of arginine and glutamic acid on proteins and their complexes<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Nmr and saxs studies of protein oligomerization. the effect of arginine and glutamic acid on proteins and their complexes <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Jascha Blobel <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Barcelona<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 15\/10\/2009<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Pau Bernado Pereto<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: ernest Giralt lledo <\/li>\n<li>maxim Petoukhov (vocal)<\/li>\n<li>  (vocal)<\/li>\n<li>  (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Jascha Blobel 1. 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