{"id":98826,"date":"2018-03-11T10:19:44","date_gmt":"2018-03-11T10:19:44","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/desarrollo-de-nuevas-metodologa%c2%adas-para-el-ajuste-de-estructuras-tridimensionales-en-biomoleculas-sobre-infraestructuras-grid\/"},"modified":"2018-03-11T10:19:44","modified_gmt":"2018-03-11T10:19:44","slug":"desarrollo-de-nuevas-metodologa%c2%adas-para-el-ajuste-de-estructuras-tridimensionales-en-biomoleculas-sobre-infraestructuras-grid","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/desarrollo-de-nuevas-metodologa%c2%adas-para-el-ajuste-de-estructuras-tridimensionales-en-biomoleculas-sobre-infraestructuras-grid\/","title":{"rendered":"Desarrollo de nuevas metodolog\u00edas para el ajuste de estructuras tridimensionales en biomol\u00e9culas sobre infraestructuras grid"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Jos\u00e9 Ignacio Garz\u00f3n Ca\u00f1as <\/strong><\/h2>\n<p>La tesis doctoral presentada ha estado enfocada a la obtenci\u00f3n de aplicaciones que implementen eficientemente  operaciones de ajuste (tambi\u00e9n denominado docking) en el campo de la biolog\u00eda estructural. Para ello, se ha enfocado el estudio a dos objet ivos principales:  &#8211; dise\u00f1o de aplicaciones de ajuste mediante una nueva metodolog\u00eda que proporciona una b\u00fasqueda m\u00e1s r\u00e1pida.  &#8211; adaptaci\u00f3n \u00f3ptima de las aplicaciones de ajuste para su ejecuci\u00f3n sobre un entorno de computaci\u00f3n grid. Esta adaptaci\u00f3n p ermite hacer uso de las amplias capacidades computacionales proporcionadas por este paradigma,  acelerando la b\u00fasqueda del mejor ajuste. Estas adaptaciones han requerido la creaci\u00f3n de un nuevo sistema cache sobre sistemas grid que permitan un \u00f3ptimo  uso de las transferencias de datos realizadas.   el dise\u00f1o de nuevas aplicaciones para acelerar la b\u00fasqueda del mejor ajuste ha sido desarrollado empleando una novedosa metodolog\u00eda denominada fast rotational matching (frm). La b\u00fasqueda del mejor aju ste entre dos elementos implica la exploraci\u00f3n de todas las posibles combinaciones de ambos objetos, lo que conlleva realizar tanto m\u00faltiples desplazamientos como rotaciones de uno de los objetos con respecto al otro. Por tanto, el espacio de b\u00fasqued a resulta muy amplio, resultando ineficiente su exploraci\u00f3n sistem\u00e1tica. Frm permite acelerar esta exploraci\u00f3n en el espacio de posibles rotaciones mediante una adecuada representaci\u00f3n de los objetos mediante esf\u00e9ricos arm\u00f3nicos. Empleando esta metod olog\u00eda, se han dise\u00f1ado dos aplicaciones que resuelven problemas de ajuste de distintas caracter\u00edsticas:  &#8211; adp_em: realiza un ajuste de elementos a distinta resoluci\u00f3n, encajando estructuras at\u00f3micas sobre mapas a baja resoluci\u00f3n. Esto permite model ar la estructura at\u00f3mica de complejos macromoleculares a partir de sus componentes conocidos o de mol\u00e9culas hom\u00f3logas.          &#8211; frodock: esta aplicaci\u00f3n realiza el ajuste entre estructuras at\u00f3micas de prote\u00ednas, permitiendo predecir la conformaci\u00f3n  en la que interaccionan.  estas aplicaciones, a su vez, han sido convenientemente adaptadas a una realizaci\u00f3n paralela que permita emplear m\u00faltiples recursos computaciones proporcionados por el paradigma grid. De esta forma, se ha realizado la paral elizaci\u00f3n de la aplicaci\u00f3n adp_em para realizar concurrentemente y de forma \u00f3ptima el ajuste de distintas estructuras sobre un mismo mapa a baja resoluci\u00f3n. Por su parte, frodock ha sido adaptado para permitir la exploraci\u00f3n concurrente de distintas<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Desarrollo de nuevas metodolog\u00edas para el ajuste de estructuras tridimensionales en biomol\u00e9culas sobre infraestructuras grid<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Desarrollo de nuevas metodolog\u00edas para el ajuste de estructuras tridimensionales en biomol\u00e9culas sobre infraestructuras grid <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Jos\u00e9 Ignacio Garz\u00f3n Ca\u00f1as <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 Complutense de Madrid<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 27\/01\/2010<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Pablo Chacon Montes<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: ignacio Mart\u00edn llorente <\/li>\n<li>Mar\u00eda  de los santos P\u00e9rez hern\u00e1ndez (vocal)<\/li>\n<li>Juan Fern\u00e1ndez recio (vocal)<\/li>\n<li>Jos\u00e9 Mar\u00eda Carazo garcia (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Jos\u00e9 Ignacio Garz\u00f3n Ca\u00f1as La tesis doctoral presentada ha estado enfocada a la obtenci\u00f3n de aplicaciones que 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