{"id":99624,"date":"2010-09-03T00:00:00","date_gmt":"2010-09-03T00:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/sin-categoria\/aproximaciones-computacionales-dinamicas-y-topologicas-al-estudio-del-metabolismo\/"},"modified":"2010-09-03T00:00:00","modified_gmt":"2010-09-03T00:00:00","slug":"aproximaciones-computacionales-dinamicas-y-topologicas-al-estudio-del-metabolismo","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.deberes.net\/tesis\/procesos-metabolicos\/aproximaciones-computacionales-dinamicas-y-topologicas-al-estudio-del-metabolismo\/","title":{"rendered":"Aproximaciones computacionales, dinamicas y topologicas al estudio del metabolismo"},"content":{"rendered":"<h2>Tesis doctoral de <strong> Raul Monta\u00f1ez Martinez <\/strong><\/h2>\n<p>El trabajo se centra en el estudio del metabolismo siguiendo dos aproximaciones diferentes, la primera (ascendente) integra informaci\u00f3n cin\u00e9tica de las diferentes encimas en modelos cin\u00e9ticos de rutas metab\u00f3licas concretas, como la ruta de las poliaminas, catabolismo de arginina, ciclo de los metilos y de los folatos, modelos que son secuencialmente integrados en un modelo mayor. Gracias a esta aproximaci\u00f3n se ha puesto de manifiesto la posibilidad de encontrar nuevas propiedades emergentes en sistemas multicomponentes a medida que se adicionan nuevos componentes. Por otro lado se verifica la posibilidad de modelado incremental mediante la adici\u00f3n secuencial de modelos individuales. En la segunda aproximaci\u00f3n (descendente) se analiza el metabolismo completo de diferentes organismos. En esta ocasi\u00f3n, el metabolismo es abstra\u00eddo como un grafo bipartito en el que se contemplan reacciones y metabolitos implicados en \u00e9stas. En esta segunda aproximaci\u00f3n se hace referencia a la problem\u00e1tica de analizar los grafos bipartitos naturales empleando abstracciones y se plantean alternativas para analizar la red del metabolismo como una red bipartita. Se caracterizan as\u00ed las diferentes naturalezas de reacciones y reactantes en las redes bipartitas, sus diferentes distribuciones de conectividad, fuerza y clustering entre otros y el efecto diferencial que sobre cada una de ellas ejerce el proceso de proyecci\u00f3n. Por otro lado se confirma la naturaleza mundo peque\u00f1o del metabolismo mediante el an\u00e1lisis de esta propiedad en las redes metab\u00f3licas bipartitas de 11 organismos diferentes. Para poder desarrollar todo este trabajo se ha desarrollado en paralelo un sistema de recuperaci\u00f3n y cribado de la informaci\u00f3n basado en mediaci\u00f3n sem\u00e1ntica mediante ontolog\u00edas. Con este sistema de mediaci\u00f3n sem\u00e1ntica se ha integrado informaci\u00f3n estructural de prote\u00ednas, generando una herramienta capaz de encontrar o modelar la estructura tridimensional de las prote\u00ednas del metabolismo de las poliaminas para cualquier organismo consultado. En segundo tugarse ha generado una herramienta que facilita el modelado de rutas metab\u00f3licas como modelos cin\u00e9ticos, sbmm, herramienta que recopila informaci\u00f3n de las bases de datos metab\u00f3licas m\u00e1s relevantes y las integra en un entorno amigable y de f\u00e1cil empleo con el que ir generando y optimizando los diferentes modelos de los diferentes organismos.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Datos acad\u00e9micos de la tesis doctoral \u00ab<strong>Aproximaciones computacionales, dinamicas y topologicas al estudio del metabolismo<\/strong>\u00ab<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>T\u00edtulo de la tesis:<\/strong>\u00a0 Aproximaciones computacionales, dinamicas y topologicas al estudio del metabolismo <\/li>\n<li><strong>Autor:<\/strong>\u00a0 Raul Monta\u00f1ez Martinez <\/li>\n<li><strong>Universidad:<\/strong>\u00a0 M\u00e1laga<\/li>\n<li><strong>Fecha de lectura de la tesis:<\/strong>\u00a0 09\/03\/2010<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Direcci\u00f3n y tribunal<\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Director de la tesis<\/strong>\n<ul>\n<li>Miguel Angel Medina Torres<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong>Tribunal<\/strong>\n<ul>\n<li>Presidente del tribunal: xavier Belles ros <\/li>\n<li>irene Kouskoumvekaki (vocal)<\/li>\n<li>nestor Torres darias (vocal)<\/li>\n<li>jordi Vill\u00ed\u00a0 freixa (vocal)<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tesis doctoral de Raul Monta\u00f1ez Martinez El trabajo se centra en el estudio del metabolismo siguiendo dos aproximaciones diferentes, la 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